USO DE PROGRAMAÇÃO DINÂMICA EM DOBRAMENTO DE RNA

Autores

  • Luiz Carlos da Silva Rozante

DOI:

https://doi.org/10.13037/ria.vol1n1.909

Palavras-chave:

Dobramento de RNA, Estrutura Secundária, Programação Dinâmica, Minimização de Energia Livre

Resumo

Os métodos laboratoriais para determinação da estrutura do RNA são onerosos. A estrutura secundária do RNA, além de fonecer informações acerca da função da molécula, serve também como importante etapa na definição de sua estrutura terciária. Daí a importância em se desenvolver métodos computacionais, rápidos e precisos de predição da estrutura secundária, a partir da estrutura primária. As duas mais importantes estratégias de resolução do problema estão baseadas em critérios de estabilidade termodinâmica (de energia livre mínima) e na identificação dos dobramentos comuns entre moléculas homólogas. No primeiro caso, os algoritmos mais importantes são baseados em técnicas de programação dinâmica. Situado no contexto da genômica estrutural e da bioinformática, este trabalho apresenta os modelos propostos para o problema, além de descrever formalmente as várias técnicas e métodos envolvidos na sua resolução. Desenvolvemos também implementações eficientes dos algoritmos mais expressivos baseados em cálculo de energia livre mínima.

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